Webinar du 2 octobre 2024 SFM – CNRCH – Merci pour votre participation à ce webinar. Vous pouvez prendre connaissance des thématiques présentées lors du webinar :
Bilan de la mise en place par NGS de l’étude du résistome et de l’épidémiologie des infections à Campylobacters en France par Quentin Jehanne & Philippe Lehours
-> Ouvrir le lien ci-après : Resistome_Campylobacter CNRCH_2024
Mini-formation Wooclap sur les infections à Campylobacters et Hélicobacters par
Marine Jauvain
-> Ouvrir le lien ci-après : Webinaire Octobre 2024 quiz V2
Vidéo de démonstration : Broyage des biopsies gastriques pour diagnostic des infections à Helicobacter pylori par Lucie Bruhl & Claudie Perreau
-> https://youtu.be/Fnx5orzFacg
Étapes pré analytiques pour la détection de Helicobacter pylori par PCR temps réel et/ou autre culture.
-> Ouvrir le lien ci-après : Etapes pré analytiques pour la détection de Helicobacter pylori par PCR temps réel
Le bilan de surveillance des Campylobacters en France 2023 est en ligne par le lien ci-dessous :
Lecture des comptes rendus de résultats NGS du CNRCH :
Vous commencez à recevoir les résultats d’analyses confiées au CNRCH, voici un tuto pour vous accompagner.
Revenez vers nous si besoin : -> COMMENT_LIRE_LE_RAPPORT_NGS_DU_CNRCH (2)
DNA Capture :
Le CNRCH met en place une nouvelle stratégie de diagnostic par séquençage haut débit (NGS, technique de capture d’ADN) destinée à l’étude du résistome et du virulome de H. pylori.
Cette approche est réservée aux patients en échecs de traitement avec une indication formelle d’éradication uniquement : ulcère, cancer gastrique localisé et lésion prénéoplasique étendue, MALT et ATCD familiaux cancer gastrique de 1er degré.
Merci de compléter la fiche de demande téléchargeable sur notre site internet et de l’envoyer complétée par mail à cnrch@chu-bordeaux.fr : Fiche demande DNA Capture
Le CNRCH décidera en fonction des renseignements fournis si l’analyse NGS sera réalisée ou bien si le cas soumis sera orienté pour expertise vers la RCP du Groupe d’Etude Français des Hélicobacters.
L’analyse NGS sera réalisée, après l’envoi par un laboratoire d’analyses médicales au CNRCH :
– soit sur ADN extrait de biopsie gastrique (envoi à température ambiante, +5°C ou -20°C).
– soit sur reliquat de biopsie gastrique congelé (envoi à -20°C ou -80°C).
Demander au laboratoire d’analyses médicales de fournir une copie de leur résultat de PCR en précisant le nom du kit utilisé et la valeur du Ct de PCR obtenu pour H. pylori.
L’analyse NGS pourra être réalisée également sur biopsies fraiches envoyées en milieu Portagerm Pylori (envoi à +5°C ou -20°C).
Si l’ensemble des conditions de réalisation de cette analyse sont réunies, l’analyse par NGS sera réalisé au prix d’une PCR temps réel H. pylori (B100 soit 25 euros).
Évaluation rétrospective de cas d’infections à Helicobacter
du groupe Heilmannii :
Le CNR est régulièrement sollicité pour confirmer de potentielles infections gastriques à Helicobacter du groupe Heilmannii. Ces suspicions d’infections sont issues d’observations histologiques de bacilles très spiralés.
En dehors de H. pylori, les bactéries du groupe Heilmannii (HH) qui infectent l’homme sont H. bizzozeronii, H. felis, H. heilmannii sensu stricto, H. salomonis et H. suis. Le CNR propose systématiquement suite à ces demandes d’envoyer au CNR les blocs en paraffine pour confirmer en interne le diagnostic.
Matériel et méthodes : Entre 2019 et 2023, six laboratoires ont envoyé au CNR un ou deux blocs en paraffine contenant un fragment de biopsie gastrique pour suspicion d’infection à HH. Le CNR a extrait l’ADN à partir de coupes issues des blocs avec le kit QIAamp DNA FFPE Tissue Kit® et a effectué deux PCR : une PCR en temps réel maison de détection de H. pylori, et une PCR conventionnelle 16S spécifique du genre Helicobacter pour identification bactérienne.
Les PCR commerciales H. pylori de r-biopharm,Seegene et Mobidiag ont également été testées. Des amorces permettant le séquençage de la région de l’ADNr-23S et de la QRDR du gyrA des HH ont été utilisées afin de déterminer la présence de mutations potentiellement associées à la résistance aux macrolides et aux fluoroquinolones. En parallèle, des marquages par Immunohistochimie (IHC) et des colorations de GRAM ont été effectués.
Résultats : Sur les 6 prélèvements, trois se sont révélés positifs à H. pylori par PCR en temps réel du CNR. Pour les 3 autres, le séquençage de l’ADNr-16S a permis d’identifier 2 Helicobacter suis et 1 Helicobacter heilmannii sensu stricto. Le séquençage de la région cible du 23S, classiquement décrite comme portant les mutations associées à la résistance aux macrolides, n’a pas identifié de mutation. Les colorations de GRAM et IHC pour les 3 blocs positifs à HH ont permis la visualisation de bacilles caractéristiques de ce groupe.
Conclusion : Ainsi, sur 6 cas de suspicion, seuls 3 cas d’infections à HH (2 H. suis et 1 H. heilmannii ss.) ont été confirmés, tous potentiellement sensibles aux macrolides. La PCR H. pylori du CNR ne croise pas avec ces HH contrairement aux PCR commerciales. Tout cas d’infection à HH diagnostiqué par histologie mérite d’être confirmé par biologie moléculaire dans des laboratoires spécialisés.
Nous remercions les biologistes du CH de Valenciennes (M Paluch, O Lesne) et du CHU de Lyon (Anne Gaelle Ranc, Tiphaine Gaillard, Hélène Salord, Yvonne Benito) pour cette collaboration.
WEBINAR du 7 février 2024
Le programme de ce webinar était le suivant, vous pouvez consulter les présentations librement :
· Bilan des 6 premiers mois de saisies du réseau Helico-net : un outil de suivi épidémiologique des infections à H. pylori en France (Pr P Lehours) : Réseau Heliconet GEFH 2024
· Evaluation au CNR de la gélose sélective H. pylori commercialisée par BD (Lucie Bruhl) : Dias – 2024-01 – BRUHL Lucie_BD Helicobacter
· Emergence de méthyltransférases chez Campylobacter associées à la résistance aux macrolides (Q Jehanne) : WEBINAR CNR 2024 (4)
La 31e Réunion annuelle du Groupe d’Étude Français des Hélicobacter GEFH aura lieu le 26 janvier 2024 à Paris, Institut Pasteur :
-> https://www.sfm-microbiologie.org/evenement/journee-du-gefh/
TUTOGASTRO© 17/07/2023 / Helicobacter pylori résistant
Dans ce TutoGastro de la SNFGE, le Dr Frédéric Heluwaert répond aux questions du Dr Camille Barrault afin de vous expliquer, en 4 minutes, quelles sont les raisons possibles d’échec de traitement pour un Helicobacter pylori, quels examens faire pour identifier cette résistance au traitement, et selon le résultat quel nouveau traitement proposer.
https://www.youtube.com/watch?v=pfao6d7Juwg
SNFGE Société Nationale Française de Gastro-Entérologie,
79, boulevard du Montparnasse 75006 Paris.
Nous vous suggérons de consulter « Campylobacter story map » 2022, diffusée par l’ EFSA European Food Safety Authority, les versions anglaise et française sont en ligne. Présentation interactive et complète. N’hésitez pas à double cliquer sur les graphiques ou images, lien ci dessous :
Cliquer par ici pour le lien -> Carte récit de Campylobacter (arcgis.com)
- Qu’est-ce que Campylobacter
- Quelle maladie
- Où se trouve-t-on
- Comment être infecté
- Occurrence en 2021
- Comment prévenir
- Surveillance de l’UE et rôle de l’EFSA
- Lectures complémentaires
Nous vous informons du renouvellement de notre mission en tant que Centre National de Référence pour une période de 5 ans 2023-2027, selon le décret n°2022-1770 paru au Journal Officiel du 30 décembre 2022.
Arrêté 30 décembre 2022_fixant liste des CNR
Décrêt 30 décembre 2022_relatif aux CNR
-> Diaporama de l’infection à Hélicobacter pylori en France : données 2017-2021
Présentation lors du congrès de la RICAI décembre 2022. Cliquer sur le lien suivant : RICAI 2022 P Lehours
-> Étude rétrospective multicentrique sur Campylobacter spp. Bactériémie en France.
Cliquer sur le lien suivant : Bacteremia in France: The Campylobacteremia Study -Tinevez 2022
-> La nomenclature des actes de biologie médicale concernant H. pylori change !
La PCR H. pylori sur biopsie gastrique peut être cotée B100.
La culture de H. pylori est indiquée en cas d’échec de traitement d’éradication (B60 + B70 pour l’antibiogramme).
Le test respiratoire à l’urée marquée peut être prescrit en dépistage ou en contrôle d’éradication (B45).
La détection antigénique de H. pylori dans les selles peut être cotée B40, en dépistage ou en contrôle d’éradication.
Cf JO du 16/12/2022.
Journal Officiel 20221216_0291_0040-1
-> Article du jle, Hépato-Gastro, 2022, Volume 29, Numéro 8 :
Exploration microbiologique de la sensibilité aux antibiotiques de Helicobacter pylori. Pr Philippe Lehours.
Résumé : L’étude de la sensibilité de Helicobacter pylori aux antibiotiques repose sur l’isolement par culture de la bactérie à partir de biopsies gastriques. Les antibiogrammes sont réalisés par détermination des concentrations minimales inhibitrices en testant au minimum la clarithromycine et la lévofloxacine.
L’alternative à la culture est de chercher au minimum par PCR les mutations associées à la résistance aux macrolides. Les PCR sur échantillons de selles ne sont pas encore au point.
Pour sa lecture intégrale : –> explorations microbiologiques de la sensibilité aux antibiotiques de Helicobacter pylori – jle – Hepato-gastro oncologie – PL
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-> Les demandes de sérologie Campylobacter jejuni doivent être accompagnées d’une fiche de renseignements cliniques téléchargeable sur notre site internet.
Pour télécharger ce document, vous rendre dans l’onglet :
« Catalogue des actes » -> « campylobacter (sérologie) » ->« formulaire requis »
En l’absence de cette feuille, la sérologie ne sera pas effectuée.
Merci pour votre collaboration.
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-> « Nouvelles valeurs moléculaires pour les tests de sensibilité aux antibiotiques pour Aliarcobacter butzleri » à lire dans notre onglet « Bilans et Publications » –
Molecular Cut-off Values for Aliarcobacter butzleri Susceptibility Testing
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Recommandations du CASFM 2022 pour Campylobacter et Helicobacter pylori
-> Vous pouvez télécharger le document dans l’onglet « FICHES TECHNIQUES et RECOMMANDATIONS »
-Mme Lucie Bruhl, ingénieur au CNRCH: « Automatisation sur BDMAX et Ingenius d’une PCR commerciale pour la détection de Helicobacter pylori ».
cliquer sur le lien ci-après pour la lecture du document -> Lucie B séminaire CNR juin 2022
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CNR des Campylobacters & Hélicobacters : Préparation des antibiogrammes campylobacter – ensemencement Helicobacter pylori
Photos : Guillaume Ferran – CHU Bordeaux
Nomination du CNRCH 2023-2027 :
Le Laboratoire de Bactériologie de l’Hôpital des Enfants de Bordeaux a été l’un des premiers en France à s’intéresser aux Campylobacters en 1979. Durant les années 80, nous avons mené plusieurs études sur le rôle des Campylobacters dans les diarrhées de l’enfant dans les pays en développement, soutenues par : l’OMS (Vietnam), la Communauté Européenne (Burkina Faso) et le Ministère français des Affaires Etrangères (Algérie).
En France, nous avons mis en place un réseau hospitalier de surveillance des infections à Campylobacter avec l’aide du Groupe d’Etudes Epidémiologiques et Prophylactiques (GEEP). Ce réseau soutenu par le Ministère de la Santé dès 1986 a permis d’obtenir les premières données épidémiologiques sur cette infection dans notre pays, et notre laboratoire est devenu Centre National de Référence en 1993, renouvelé en 1998, 2002 et 2006. En 2002, le système de surveillance a été étendu aux laboratoires de ville.
Helicobacter pylori a été découvert en 1982, et classé initialement dans le genre Campylobacter. Pour cette raison, nous avons été amenés à étudier cette bactérie qui avait une niche écologique différente de celle des autres Campylobacters. C’est seulement en 1989 qu’un nouveau genre a été créé pour cette bactérie avec comme espèce principale H. pylori.
Le CNRCH a été créé en 1993 et est passé sous gestion du CHU de Bordeaux depuis 2017 pour la période 2017-2022.
Le mandat est renouvelé pour la période de 2023 à 2027, selon le décret n°2022-1770 paru au Journal Officiel du 30 décembre 2022.
Arrêté 30 décembre 2022_fixant liste des CNR
Décrêt 30 décembre 2022_relatif aux CNR
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