Mission d’expertise

∠  Identification des Campylobacters

• Identification au niveau de l’espèce par spectrométrie de masse MALDI-TOF
• Système de tests phénotypiques miniaturisés (Api Campy) développés au laboratoire à la fin des années 1980
• PCR en temps réel pour C. jejuni, C. coli et C. fetus ciblant le gène gyrA ainsi que pour A. butzleri et A. cryaerophilus
• Séquençage de l’ADNr 16S et génome complet
• PCR syndromique (BDMAX)
• Diagnostic ELISA à partir d’échantillon de selles
• PCR en temps réel pour la recherche de mutations à l’origine de la résistance des Campylobacters aux macrolides.

 

Nous participons à l’évaluation de tous nouveaux kits de diagnostic ou PCR pour recherches de Campylobacters, notamment les PCR syndromiques.

 

∠  Typage des souches de Campylobacters

En cas de situation épidémique, le laboratoire peut mettre en œuvre les méthodes moléculaires suivantes :

• Random Amplification of Polymorphic DNA. Cette méthode est bien adaptée à la comparaison de souches traitées simultanément.
• Multilocus Sequence Typing (MLST). Cette méthode permet de comparer des souches de différents laboratoires.
• Next Generation Sequencing (NGS)  : Depuis juin 2018, le CNRCH est équipé d’un séquenceur Iseq100 (Illumina)

∠  Maintien et diffusion des souches

Le CNR maintient congelées les souches types des différentes espèces de Campylobacters rencontrées chez l’homme, ainsi que d’autres souches de référence.

Le CNR dispose d’une collection de souches type pour de nombreuses espèces du genre Campylobacter sp, Arcobacter sp. Ces souches peuvent être distribuées sur demande.

 

∠ Études dans le cadre de la recherche appliquée

Le CNR participe à la mise au point et à l’évaluation de nouvelles techniques de diagnostic, d’identification et de typage des souches (recherche d’antigènes, nouveaux kits ELISA…)

Travaux de recherche ayant un lien direct avec les missions et activités du CNR :

• Bilan des souches de C. jejuni. Séquençage de 107 nouvelles souches en 2020 et poursuite du séquençage pour 2021. Voir les pages 36 et 37 du rapport d’activité du CNRCH 2020.
• Projet d’attribution de sources pour C. coli. Voir page 37 du rapport d’activité du CNRCH 2020
• Séquençage des souches particulières et possibles nouvelles espèces. Voir les pages 38 à 41 du rapport d’activité du CNRCH 2020.
• Première description en France de méthylases bactériennes associées à la résistance à l’érythromycine chez C. coli. Voir les pages 41 et 42 du rapport d’activité du CNRCH 2020.
• Collaboration avec le National Institute of Health (NIH, Maryland, Etats-Unis). Voir  page 42 du rapport d’activité du CNRCH 2020.

• Étude rétrospective multicentrique sur les bactériémies à Campylobacter sp en collaboration avec le service des Maladies Infectieuses du CHU de Bordeaux.
• Étude d’impact de la mise en place d’un test de détection rapide immunoenzymatique des Campylobacters dans les selles pédiatriques.
• Étude des pratiques et de l’impact de la mise en place de PCR syndromiques dans les laboratoires partenaires du CNR et participant au réseau Campy.internet.

 

∠  Information, Formation, Conseils

Le Centre contribue à la formation et à la diffusion des informations concernant les bactéries concernées.

Des appels téléphoniques ainsi que des courriels nous arrivent régulièrement, principalement pour des conseils  thérapeutiques en cas d’infection systémique et de situations particulières.  Les appels téléphoniques sont transmis immédiatement à un des biologistes du CNR. En cas d’absence, l’appel est  tracé et un mail est envoyé par notre personnel aux biologistes pour les prévenir. Une réponse est systématiquement donnée.

Les emails sont adressés, soit directement aux biologistes du CNR, soit via le système messagerie intégrée au site  internet. Dans ce dernier cas, les biologistes du CNR (P Lehours, E Bessède) ainsi que le secrétariat du  CNR sont tous destinataires. Nous  répondons à nos messages en général en moins de 24h ouvrées.

La diffusion des activités du CNR se fait non seulement par notre participation active aux congrès de microbiologie mais également via notre site internet sur lequel le rapport annuel est disponible. La liste des publications les plus récentes y sont affichées. Nous mettons à jour régulièrement des fiches pratiques et techniques. Nos dernières publications et participations aux congrès et conférences sont également recensées dans le rapport d’activité du CNRCH 2020.

Nous organisons des séminaires en ligne, des journées d’informations et d’échanges et souhaitons continuer à former à la demande tout personnel au diagnostic bactériologique des infections à Campylobacter sp.

Nous répondons aux sollicitations du CA-SFM.

Le directeur du Centre est à la disposition de Santé Publique France et de la Direction Générale de la Santé pour participer à l’élaboration de mesures de lutte contre les maladies concernées chaque fois que cela est nécessaire.

 

Contribution à la surveillance

∠  Surveillance des caractéristiques des infections à Campylobacters

Depuis 1986, nous travaillons avec un réseau de correspondants privés et hospitaliers. Nos correspondants acceptent de nous envoyer leurs souches accompagnées d’une feuille de renseignement par un système de transport organisé par le CNR.

Depuis 2013, certains correspondants, utilisant les mêmes méthodes que le CNRCH, saisissent directement leurs données sur un site dédié et sécurisé. Ils nous adressent 1 souche sur 10 pour confirmation et suivi qualité de leurs résultats.

Ces informations comportent l’âge, le sexe du malade, le lieu de résidence, la date d’isolement, le type du prélèvement et des informations sur l’origine possible de la contamination, notamment l’existence de cas groupés ou de voyages à l’étranger.

Notre objectif est de couvrir, grâce à l’amplitude de répartition de nos correspondants, toutes les régions de France y compris les départements d’outre-mer.

Nous recommandons à tous les laboratoires, qui nous consultent sur un problème d’identification, de nous adresser leurs souches atypiques.

∠  Surveillance de la résistance des Campylobacters aux agents anti-infectieux

La résistance des Campylobacters aux macrolides, aux tétracyclines et aux fluoroquinolones est particulièrement importante à suivre car ce sont des composés utilisés pour traiter ces infections.
En 2020, la résistance aux fluoroquinolones pour C. jejuni dépasse pour la première année C. coli. voir page 23 du Rapport du CNR année 2020.

La résistance à la gentamicine reste rare : le CNR a participé à la caractérisation des mécanismes de résistances associés à cette résistance par une stratégie basée sur le NGS *.

La résistance aux carbapénèmes est exceptionnelle : les mécanismes associés sont en cours de caractérisation par approche NGS *.

Le CNR travaille actuellement à l’établissement de cut-offs épidémiologiques adaptés aux antibiogrammes des bactéries du genre Arcobacter.

∠  Collaboration avec les réseaux nationaux de surveillance chez l’animal

Nous collaborons avec le Laboratoire National de Référence (LNR) des Campylobacters de l’ANSES, basé à Ploufragan, qui est chargé de la surveillance de ces bactéries au niveau de l’alimentation depuis 2006.

∠  Contribution aux réseaux de surveillance européens et internationaux

Nous avons participé au réseau Campynet, financé par la Communauté Européenne qui avait pour but de comparer les méthodes de typage des Campylobacters.
Les données du CNR sont transmises chaque trimestre au réseau européen s’intéressant aux Campylobacters via Santé Publique France.

Nous transmettons nos données sur les résistances aux antibiotiques à l’ECDC – European Centre for Disease Prevention and Control – via Santé Publique France .

 

 

* NGS : Next Generation Sequencing

 

Liste des  principales espèces

Campylobacteraceae

Campylobacter

• C. jejuni
  • C. jejuni subsp. jejuni
  • C. jejuni subsp. doylei
• C. coli (junior synonym: C. hyoilei)
• C. lari
• C. upsaliensis
• C. helveticus
• C. fetus
  • C. fetus subsp. fetus
  • C. fetus subsp. venerealis
• C. hyointestinalis
  • C. hyointestinalis subsp. hyointestinalis
  • C. hyointestinalis subsp. lawsonii
• C. sputorum
  • C. sputorum biovar sputorum
  • C. sputorum biovar fecalis
  • C. sputorum biovar paraureolyticus
• C. mucosalis
• C. concisus
• C. curvus
• C. gracilis
• C. rectus
• C. showae

Aliacobacter

• A. nitrofigilis
• A. cryaerophilus
  • A. cryaerophilus group I
  • A. cryaerophilus group II
• A. butzleri
• A. skirrowii